A jogdíjakhoz kapcsolódó kedvezmények 2016 júliusától jelentősen csökkentek. Szűkült a jogdíj fogalma, vagyis ezután csak a szabadalmakból, különféle oltalmakból és szoftverek szerzői jogából, valamint a ritka betegségek gyógyszerévé minősítéséből származó eredmény minősül jogdíjnak. Bár az új rendszer által nyújtott adóelőnyök elmaradnak a korábbiaktól, a valós kutatás-fejlesztési tevékenység továbbra is rendkívül kedvező adózással végezhető Magyarországon.
Nem jár kedvezmény a védjegy, a kereskedelmi név, az üzleti titok, a szerzői jogi törvény által védett szerzői mű és a szerzői joghoz kapcsolódó jog által védett teljesítmény értékesítésével elért bevétel után. A kapott jogdíjhoz kapcsolódó társasági adóalap-kedvezmény a jövőben már nem a teljes jogdíj bevétel, hanem csak a nyereség 50%-a után, legfeljebb az adózás előtti eredmény feléig vehető igénybe. Azonban, ha egy vállalkozás alkalmazza a jogdíjak nyereségéhez fűződő kedvezményeket, akkor később a veszteségek 50%-t már nem érvényesítheti a társasági adóban.
Ráadásul a kapcsolódó adóalap kedvezményt kizárólag olyan mértékben lehet figyelembe venni, amilyen arányban az adóalany részt vett a szellemi tulajdon létrehozásában. Kis könnyítés, hogy a független alvállalkozók teljesítményét bizonyos feltételekkel továbbra is figyelembe lehet venni; míg a kapcsolt vállalkozásoktól igénybe vett kutatás-fejlesztési szolgáltatások közvetlen költségei csak részben számolhatók el.
Hasonló arányosítást kell végezni a jogdíjra jogosító szellemi termék értékesítése miatt keletkezett nyereségből képzett tartalékok és a bejelentett immateriális jószág vonatkozásában is, de a jogdíj-fogalom változása miatt, ezen a területen is szűkül a kedvezmények köre.
2021. június 30-ig tartó átmeneti időszakban azonban lehetőség van arra, hogy a jogszabály változás előtt lezárt projektek alapján az átmeneti időszakban kapott jogdíjakra a korábbi kedvezőbb szabályokat vegyék figyelembe. A régi és az új szabályok keveredése ráadásul meglehetősen bonyolult adózási helyzetet eredményez.
Ezzel párhuzamosan a helyi iparűzési adóban is változott a jogdíjakkal kapcsolatos szabályozás, amely azonban, nem mindenben egyezik meg a társasági adóval. A számítások előtt tehát érdemes alaposan elemezni a két jogszabályt.
